A Linha de Ação Monitoramento e Qualidade da Água, no Ciclo 1 do Projeto Água em Unidade de Conservação (2005-2006), monitorou 63 fontes, captações de água e locais de banho, atestando a excelente qualidade dos recursos hídricos dentro do Parque Nacional da Tijuca.

No Ciclo 2 (2008-2009), esta Linha de Ação, novamente executada em parceria com o Laboratório de Análises de Água – LADA, do Instituto de Química da UFRJ,  buscou, no primeiro semestre, reativar os dispositivos cloradores em quatro fontes de fácil acesso aos turistas que, freqüentemente, consomem destas águas no setor A – Floresta da Tijuca. Os estudos-piloto de potabilização das fontes contribuíram também para uma análise da viabilidade de inclusão de todos os parâmetros da Portaria 518-GM/04-MS, em termos de recursos técnicos e financeiros, para que houvesse o atesto da qualidade para o consumo humano.

Atualmente estão sendo monitoradas 15 fontes no Setor Floresta da Tijuca, em relação à 22 parâmetros físicos, químicos, e microbiológicos, colaborando para uma série histórica como jamais realizada em uma Unidade de Conservação brasileira.